Quân đội vừa mới quay về, gặp lúc triều đình phát động chiến dịch trấn áp khởi nghĩa Dương Ứng Long của người Miêu ở Bá Châu. Lân nhận mệnh làm Hồ Quảng tổng binh quan, từ Thiên Kiều [13] tiến quân; phó tướng Trần Lương Bỉ từ Long Tuyền [14] chịu sự chỉ huy của ông. Tháng 2 ÂL năm thứ 28 (1600), quan quân đến Bạch Nê [15], con trai thủ lãnh Dương Ứng Long là Dương Triều Đống soái 2 vạn nghĩa quân vượt Ô Giang (乌江) nghênh chiến. Lân chắn phía trước, còn chia 2 cánh uy hiếp phía sau địch. Nghĩa quân yếu thế, lùi chạy về Long Khê Sơn [16], hiệp với người Miêu của Tứ Bài Bảo (chưa rõ ở đâu) cùng kháng cự. Lân vỗ về người Miêu, rồi tiến quân đến Long Khê, dò biết địch có mai phục, lệnh cho Du kích Trần Sách dùng hỏa khí tấn công; nghĩa quân giữ nơi hiểm trở, dội tên đá xuống. Lân trèo lên đầu tiên, chém 1 viên tiểu hiệu quay đầu để làm gương; bọn Bả tổng Ngô Ứng Long phá trận, nghĩa quân tan vỡ, lui về Nhi Độn thuộc Tứ Bài Bảo. Hai bì tướng của Lân đuổi nà, trúng mai phục. Lân mộ tử sĩ đi theo bọn Ngô Ứng Long hăng hái tấn công, nghĩa quân lại vỡ, chạy lên đỉnh của độn, trong đêm từ trên núi chạy trốn. Đến khi trời sáng quan quân đuổi kịp ở Viên Gia Độ (chưa rõ ở đâu), lại đánh bại nghĩa quân, tiêu diệt hoàn toàn lực lượng người Miêu ở Tứ Bài Bảo [17].

Rằm tháng 3 ÂL, các cánh quan quân làm cầu nổi vượt sông, biết tướng nghĩa quân là bọn Trương Hữu, Tạ Triều Bổng, Thạch Thắng Bổng đóng doanh ở Dã Trư Sơn (chưa rõ ở đâu) thuộc Thất Bài Bảo [17], Lân lập tức trong đêm xuất phát, đến Khổ Luyện Bình (chưa rõ ở đâu). Tiền phong của quan quân giao chiến với nghĩa quân, hậu quân kéo đến giáp kích, nghĩa quân thua chạy vào rừng sâu, quan quân thừa thắng tiến vào Khổ Thái Quan (chưa rõ ở đâu). Gặp lúc Đồng Nguyên Trấn thua trận ở Ô Giang, Lân sợ, xin lui quân, tổng đốc Lý Hóa Long không đồng ý; Lân bèn tiến quân đóng trại ở Nam Mộc Kiều (chưa rõ ở đâu), rồi đến Mi Đàm. Nghĩa quân tụ cả ở 4 độn Thanh Xà, Trường Khảm, Mã Não, Bảo Tử (chưa rõ ở đâu), địa thế đều cự kỳ hiểm trở, trong đó Thanh Xà đứng đầu. Lân cho rằng cùng lúc đánh 4 độn thì không đủ binh lực, nếu chỉ đánh 1 thì 3 độn còn lại sẽ đến cứu; bèn quyết định trước tiến đánh 3 độn rồi mới tính đến Thanh Xà. Trần Lương Bỉ đến hội quân, Lân lệnh cho ông ta mai phục ở sau độn, riêng lấy 1 cánh quân giữ Bản Giác Quan (chưa rõ ở đâu) để phòng ngừa nghĩa quân chạy thoát. Lân đốc chư tướng ra sức tấn công 3 ngày, khiến nghĩa quân tử thương không kể xiết, hạ được 3 độn. Thanh Xà trở nên 4 mặt trơ trọi, Lân vây 3 mặt, chọn tử sĩ từ sau Mã Não bám rễ cây lên lưng chừng núi kéo pháo, khiến nghĩa quân sợ hãi. Quan quân tiến đánh, đốt mái tranh bên ngoài; nghĩa quân lùi vào trong độn, không ngừng ném gạch đá xuống. Quan quân liều chết trèo lên, hủy 2 tầng rào lớn, trước sau cùng đánh. Nghĩa quân đại bại, bị giết hơn 1900 người, cuộc nổi dậy của người Miêu ở Thất Bài Bảo bị dẹp hẳn.

Lân bèn chia binh làm 6 đạo, đánh hạ 3 lớp cửa quan, thừa thắng tiến đến Hải Long độn (海龙囤, sào huyệt của Dương Ứng Long). Chư tướng đều tấn công phía trước độn, chỉ có thủ lãnh người Miêu ở Thủy Tây [18] là An Cương Thần tấn công phía sau, giằng co hơn 40 ngày. Bộ hạ của An Cương Thần nhận hối lộ của nghĩa quân, nhiều người ngầm đem thuốc nổ gởi cho họ, khiến cho nghĩa quân cũng không đề phòng quan quân. Sau đó Lân biết được, bèn lệnh cho An Cương Thần lui lại 1 xá, tự mình thay vào chỗ ấy, bày hơn trăm bảng sắt cách độn hơn trượng, khiến nỏ mạnh của nghĩa quân mất tác dụng; lại đặt bàn chông ở trước rào, khiến nghĩa quân mỗi đêm ra đánh trộm, đều bị chông gây thương tích, không dám ra ngoài nữa. Nghĩa quân thế cùng, kêu khóc với nhau. Ban đầu Lý Hóa Long lệnh cho chư tướng chia ngày tấn công, vì vậy ngày 6 tháng 6 ÂL là lượt của Lân với Ngô Quảng. Canh tư đêm ấy cánh quân của Lân ngậm tăm trèo lên độn, giết lính giữ cửa, cắm cờ trắng rồi nổi pháo. Nghĩa quân đang ngủ say, nghe tiếng pháo thì kinh hãi tan rã, thủ lãnh Dương Ứng Long tự thiêu. Cánh quân của Ngô Quảng cũng đến, cùng nhau dẹp xong cuộc nổi dậy của người Miêu ở Bá Châu do thổ ty Dương Ứng Long lãnh đạo.

Giữa lúc đánh dẹp Bá Châu, chư tướng đều muốn hối lộ Lý Hóa Long, Lân cũng sai sứ giả đến nhà ông ta, đúng lúc sứ giả của Lưu Đinh đang bị cha của Hóa Long mắng nhiếc, sứ giả của Lân vội bỏ chạy. Sau đó Hóa Long tố cáo, khiến Đinh chịu đoạt chức, còn Lân tránh được vạ ấy.